신화의 시대, 인간을 사냥하던 ‘천익족(天翅族)’의 수장인 토우마는 인간 마도사 스콜피오스를 유혹해, 여전사 세리안과 사랑에 빠진 아폴로니아스를 배신하게 만든다. 그리고 1만 2천 년 후― 부활한 천익족에게 멸망 위기로 몰린 인류는 기계천사 운용부대 ‘디바(D.EAVA)’를 조직하고, ‘강공형 아쿠에리온’을 통해 반격에 나선다. 그 정예 부대원인 실비아와 레이카는 야생소년 아폴로와 만나게 되고, 그가 전설의 영웅 아폴로니아스의 환생이라는 가능성에 주목한다. 수많은 감정과 운명이 얽히는 가운데, 마침내 오리지널 아쿠에리온이 각성한다―!