현재로부터 수십 년 후의 가까운 미래. 인류는 **태평양 해구(수심 7000미터의 심해)**에서 정체불명의 유적을 발견한다. 미국 군대의 지휘 아래, 그 거대한 구조물은 **"올펀(Orphan)"**이라 명명되고, 연구자들은 극비리에 조사를 진행한다. 조사 결과, 올펀은 생체 에너지를 흡수하며 우주로 떠나려는 생명체라는 사실이 밝혀진다. 지구에 절망한 일부 인류는 올펀에 협력하는 집단 **“리클레이머(Reclaimer)”**로 모여들고, 올펀을 이민선으로 삼아 우주로 떠나려는 계획을 세운다. 한편, 올펀이 각성함에 따라 세계 각지에서 발견되는 **수수께끼의 원반형 물질 '오가닉 플레이트'**로부터 **'안티바디(Antibody)'**라 불리는 미지의 존재들이 나타나기 시작한다. 리클레이머는 이 안티바디 중 올펀과 동조하는 개체들을 **“그랑처(Grandcher)”**라 명명하고, 지구를 떠나기 위한 행동을 개시한다. 하지만, 올펀의 부상으로 인한 지각변동은 **3년 동안 세계 13개 도시를 반파(주요 도시는 괴멸)**시키는 대참사를 불러온다. 이 전례 없는 위기 속에서 **국제연합(UN)**은 올펀에 맞서기 위한 **방주(箱船)**로 전함 **노비스 노아(Novis Noah)**를 건조하고, 올펀에 반응하는 **특수 안티바디 ‘브렌파워드(Brain Powered)’**를 이용해 올펀의 부상을 막는 작전을 실행한다. 브렌파워드의 파일럿을 모집하며 준비를 서두르던 와중, 올펀의 부상 준비가 완료되고 전 세계는 또다시 초자연적인 재해에 휘말린다. 이러한 상황 속에서, 리클레이머의 핵심 인물인 이사미 부부의 아들 이사미 유우는 리클레이머의 사상에 반발해 올펀을 탈출, 노비스 노아의 일원이 되며— 이야기는 본격적으로 움직이기 시작한다.