네트워크 시스템이 발달한 도시, Den City(덴 시티). 그곳에는 대기업 "SOL 테크놀로지"가 만든 고도의 네트워크 기술로 구축된 링크 브레인즈(LINK VRAINS)라는 VR 공간이 있다. 사람들은 그 VR 공간에서 새로운 듀얼 체험에 열광한다. 그러나 링크 브레인즈에는 듀얼을 통해 해킹하는 수수께끼의 해커 집단 『하노이의 기사』가 나타난다. 그들의 목적은 네트워크 어딘가에 존재하는 『AI들의 세계=사이버스』를 멸망시키는 것. 이에 맞서는 듀얼리스트, "Playmaker". 압도적인 듀얼로 『하노이의 기사』를 쓰러뜨리고 아무 말 없이 떠난 그의 이름은 네트워크 세계에서 유명해진다. 그 "Playmaker"의 정체는 고등학생 후지키 유사쿠. 과거에 일어난 사건의 진상을 파악하기 위해 링크 브레인즈에 출몰하는 『하노이의 기사』와 싸운다. 그 싸움에서 유사쿠는 "SOL 테크놀로지"와 "하노이의 기사"가 추구하는 수수께끼의 AI 프로그램을 포획한다. 이를 계기로 운명의 수레바퀴가 크게 움직이기 시작한다... 수수께끼의 AI의 정체, 링크 브레인즈를 노리는 "하노이의 기사"의 진의, 그리고 유사쿠의 과거에 숨겨진 진실은— 모든 답은 링크 브레인즈 속에 있다!