우주세기 0123년. 달 주변에 새롭게 건설된 프론티어 사이드의 콜로니, 프론티어 IV. 그 내부에 있는 프론티어 학원에서는 학원제가 개최되고 평소와 다름없는 평화로운 하루가 흘러가고 있었다. 그런 와중에 프론티어 IV에 접근하는 MS 부대의 모습이 있었다. 그들의 이름은 크로스본 뱅가드. 서민을 위하는 진정한 귀족에 의한 지배주의 「코스모 귀족주의」를 표방하는 마이처 로나가 창설한 무장집단에 소속된 MS였다. 크로스본 뱅가드의 MS가 프론티어 IV 내부에 잠입하여 요격에 나선 연방군 MS와의 전투가 벌어지자, 평화로운 콜로니는 전장으로 완전히 바뀌어 버린다. 전란 속에서 프론티어 학원의 학생인 시북 아노는 소꿉친구인 세실리 페어차일드 등의 학교 친구들과 함께 셸터로 피난하려고 하고 있었다. 하지만 사지를 넘어 겨우 우주항구에 당도한 시북 일행의 앞에 나타난 것은 크로스본 뱅가드의 MS였다. 그들의 목적은 로나 가의 피를 잇고 있는 세실리를 데려가는 것이었다. 그녀를 맞이하러 온 오빠와 함께 친구들의 곁을 떠나는 세실리. 그 후, 탈출한 시북 일행은 스페이스 보트로 프론티어 I에 도착한다. 프론티어 I에서 크로스본 뱅가드의 추격을 피해 연습함 스페이스 아크에 구조된 시북은 거기서 모친이 개발하던 신형 MS F91과 만난다. 하지만 추격의 손길은 이미 스페이스 아크에까지 미쳐 시북은 F91로 출격. 첫 전투임에도 크로스본 뱅가드의 MS 부대를 격퇴하였다. 한편 세실리는 로나 가의 여자로서 살아갈 것을 결심하고 프론티어 IV에서 행해지는 코스모 바빌로니아의 건국 행사에 참가하려고 하고 있었다. 건국 행사 전날밤, 콜로니로 돌아가 세실리와 재회하는 시북. 하지만 그녀의 결심을 뒤집지는 못하고 다시 헤어지게 되고 만다. 그리고 또다시 시작되는 크로스본 뱅가드에 의한 프론티어 I 침공. 거기서 적과 아군의 입장이 되어버린 두 사람은 서로가 MS 파일럿으로서 전장에서 재회한다. 하지만 그 침공 작전 뒤에서는 세실리의 아버지인 철가면의 거대한 음모가 진행되고 있었다. 멀리 떨어져버린 시북과 세실리는 다시 서로를 이해할 수 있을 것인가? 그리고 철가면이 획책하는 음모의 정체란......?