건프라 배틀 전국 선수권 대회에서 우승한 지 1년 후, 팀 트라이 파이터즈는 야지마 상사로부터 회사의 새로운 배틀 시스템을 테스트하기 위해 외딴 섬으로 초대받는다. 세카이와 후미나는 섬에 도착하지만, 그곳에는 갱코, 시아, 미나토도 초대받아 있었다. 한편, 유우마는 미라이의 사진 촬영을 돕느라 초대를 거절하지만, 알고 보니 자신과 팀 동료들도 같은 섬에 있었다. 그 사이 닐슨 연구소에서는 새로운 플라브스키 입자에 이상 현상이 발생하는데, 거대한 수정체가 형성되어 섬에 있는 건프라들이 통제 불능 상태에 빠지게 된다. 건프라 파이터들은 힘을 합쳐 이 수정체가 전 세계의 모든 건프라 배틀 시스템에 피해를 입히는 것을 막아야 한다!