우리가 사는 이 지구라는 세계는 ‘상식’이라는 이름의 결계로 보호받고 있다. 그러나 그 변덕스럽고 불완전한 상식의 틈을 노리고, 바깥 세계로부터 ‘침마(에뮬레이터)’라 불리는 비상식적인 힘을 지닌 자들이 침입해온다. 그들 앞에서는 과학이라는 상식으로 만들어낸 무기 따위는 전혀 통하지 않는다. 하지만, 그들과 싸울 수 있는 자들이 있다. 그것이 바로 나이트 위저드. 세계를 지배하려는 ‘이면 세계(裏界/리가이)’의 마왕들은 오랜 시간 인간계를 침공해 왔고, 200X년 4월부터는 그 전투가 격화되어 ‘매지컬 워페어’라 불리는 전쟁으로 발전한다. 그리고 이 전쟁을 종결시킬 운명의 인물, 그녀가 바로 히로인, 시호 엘리스. 그녀가 나이트 위저드로서 각성하고, ‘보옥(寶玉)’ 중 하나를 손에 넣는 순간부터, 이야기는 시작된다…!