1939년. 突如 등장한 이형의 적, **‘네우로이’**의 습격 앞에 인류는 광대한 영토를 잃게 되었다. 독기를 퍼뜨리고 금속을 흡수하는 네우로이는 통상적인 군대로는 상대가 되지 않았고, 唯一 대항할 수 있는 존재는 신병기 스트라이커 유닛을 장착하고 하늘을 나는, 마법력을 지닌 소녀들 ― 위치뿐이었다. 그러나 그녀들의 분투에도 불구하고, 대국 카를스란트는 함락되었고, 인류의 운명은 마치 꺼져가는 등불처럼 위태로워 보였다. 그런 1944년 여름, 머나먼 동방의 섬나라 **후소(扶桑)**에서 한 명의 위치가 전장에 몸을 던지려 하고 있었다. 그녀의 이름은 미야후지 요시카. 스트라이커 유닛의 개발자인 아버지와, 치유 마법을 사용하는 위치인 어머니를 둔 소녀이다. 전설적인 위치 사카모토 미오의 권유를 받아, 요시카는 치열한 전장이 된 브리타니아로 향한다. ‘그 힘을 많은 사람을 지키는 데 쓰라’는 아버지의 유언을 가슴에 안고서― 그리고 브리타니아에서 요시카를 맞이한 것은, 각국에서 모인 에이스 파일럿들이었다. 그 부대야말로 네우로이에 대항하기 위해 결성된 인류의 최후의 보루, 제501 통합전투항공단 ― 통칭 스트라이크 위치스였다. 그녀들의 활약으로 갈리아 지방의 네우로이는 소멸하고, 유럽에는 잠시나마 평화가 찾아온 듯 보였다. 각지에서 네우로이의 활동은 약화되었고, 사람들은 황폐해진 국토의 복구 작업에 힘을 쏟기 시작했다. 제501 통합전투항공단도 해산되었고, 대원들은 각자의 고향으로 돌아가 새로운 전장에서 다시 무기를 들고 있었다. 하지만 그런 시기, 베네치아 상공에 거대한 네우로이의 둥지가 나타나고, 인류는 다시금 존망의 위기에 직면하게 된다. 1945년 봄. 민간인으로 돌아가 평범한 생활을 하던 미야후지는, 후소에서 그 소식을 듣게 된다...