15년 전, 북대서양의 해상에서 화물선이 빙산에 격돌해 침몰하는 사고가 발생한다. 이 사고로 배에 타고 있던 선장과 3등 항해사가 사망한다. 3개월 전에는 조선소에 근무하는 선박 설계사가 차를 운전하다가 갑자기 언덕 아래로 추락한다. 이러한 두 사건은 호화 여객선에 곧 일어날 사건을 암시한다. 스즈키 소노코의 초청으로 코난 일행은 호화 여객선 아프로디테 호에 탑승한다. 일행은 크루저를 즐기다가 숨바꼭질을 하기로 한다. 이 때 소노코가 갑자기 납치되어 어딘가 감금된다. 코난의 추리로 소노코는 겨우 살지만, 이번에는 아프로디테를 건조한 조선사 회장이 실종되고 사장이 살해당한다. 메구레 경감 등이 도착하지만 용의자는 600명! 코난은 추리를 하여 사건의 진상을 파헤치지만, 무언가가 불길하다!