분큐 3년. 도막파(倒幕派)와 사막파(佐幕派)가 세상을 양분하며, 칼의 시대가 끝을 고하고 있던 시대――― 막말(幕末). 막 도검남사로서 현현한 호리카와 쿠니히로는, 한때 같은 주인 아래에서 싸웠던 이즈미노카미 카네사다와 함께 비 내리는 산길을 달리고 있었다. **도검남사(刀剣男士)**란, 검에 깃든 '마음'을 사니와(審神者)가 불러내어 형체를 부여한 쓰쿠모가미(付喪神). 그들의 사명은, 역사를 바꾸려는 자들—— 미래에서 보내진 **시간소행군(時間遡行軍)**을 물리치고, **‘올바른 역사’**를 지켜내는 것이다. 무츠노카미 요시유키, 야겐 토시로, 톤보키리, 츠루마루 쿠니나가—— 새로운 동료들을 얻은 두 자루의 칼은 혼란의 시대 속으로 몸을 던지며, 시간소행군과의 전투에 뛰어들게 된다. 휘두르는 칼날에 비치는 것은 빛인가, 그림자인가―― 도검남사, 지금 출진한다.