지상의 아이들이 자유롭게 그려내는 낙서를 에너지로 삼아 하늘에 떠있는 왕국, 그 이름은 낙서왕국(ラクガキングダム).[5] 그러나 시대가 흐르면서 지상의 사람들이 낙서를 그리는 일이 줄어들자[6] 낙서왕국은 붕괴의 위기를 맞게 된다. 이에 낙서왕국군에서는 아이들을 한 데 모아 강제로 낙서를 그리게 하여 왕국을 존속시키는 '우키우키 카키카키'[7] 대작전을 개시한다. 그렇게 왕국 바로 아래에 있던 카스카베를 시작으로 지상의 아이들을 잡아가기 시작한다. 그런 혼란 속에서 낙서왕국의 공주는 지구상에서 단 한 사람, 그려낸 것은 무엇이든 실체화시키는 낙서왕국의 보물 '미라클 크레용(ミラクルクレヨン)'[8]으로 세계를 구할 용사로 노하라 신노스케를 택하고, 신짱은 공주의 명령을 받든 낙서왕국의 궁정화가로부터 미라클 크레용을 받게 되는데... 과연 신짱은 미라클 크레용으로 세계를 구할 수 있을 것인가?